ヴォイニッチ手稿（ヴォイニッチしゅこう、または-写本、英語: Voynich Manuscript）とは、暗号とおぼしき未知の文字で記され、多数の彩色挿し絵が付いた230ページほどの古文書。14世紀から16世紀頃に作成されたと考えられているが、暗号が解読できないので、何語で書かれているのか、内容が何なのか不明である。また、多数の挿し絵も本文とは無関係であるとの説もある。
手稿の名称は発見者であるポーランド系アメリカ人の古書商、ウィルフリッド・ヴォイニッチ（en）にちなむ。彼は1912年に、イタリア・ローマ近郊のモンドラゴーネ寺院で同書を発見した。現在はイェール大学付属バイネキー稀書手稿ライブラリが所蔵する。